Ana arıların ana arı işaretleme kalemi ile işaretlenmesi sebebi ana arının hangi yıl üretildiğinin belirlenmesi, kovan içerisinde ana arının rahat bir şekilde tespit edilmesidir.
Ana arı işaretleme kalemi kullanırken ana arı boya sonrası hemen kovana bırakılmamalı kuruması beklenmelidir.
Kurumayan boya işçi arılar tarafından temizlenmektedir.